ஜர்னல் ஆஃப் டேட்டா மைனிங் இன் ஜெனோமிக்ஸ் & புரோட்டியோமிக்ஸ்

சுருக்கம்

mzML கோப்புகளை திறமையாக அணுகுவதற்கான நிரல் அணுகுமுறைகளின் ஒப்பீடு

Miroslaw J. Gilski, மற்றும் Rovshan G. Sadygov

மனித புரோட்டியோம் அமைப்பு (HUPO) புரோட்டியோமிக்ஸ் ஸ்டாண்டர்ட் முன்முயற்சியானது மூலத் தரவை (mzML) சேமிப்பதற்கான கோப்பு வடிவங்களையும், புரோட்டியோமிக்ஸ் சோதனைகளிலிருந்து (mzIndentML) நிறமாலை செயலாக்கத்தின் முடிவுகளையும் (புரத அடையாளம் காணுதல் மற்றும் அளவீடு) உருவாக்கும் பணியை மேற்கொண்டுள்ளது. சிக்கலான சோதனைகளை முழுமையாக வகைப்படுத்த, சிறப்பு தரவு வகைகள் வடிவமைக்கப்பட்டுள்ளன. தரப்படுத்தப்பட்ட கோப்பு வடிவங்கள், விற்பனையாளர்-குறிப்பிட்ட பைனரி தரவு சேமிப்பக கோப்புகளில் இருந்து சுயாதீனமான தரவை காட்சிப்படுத்தல், சரிபார்த்தல் மற்றும் பரப்புதல் ஆகியவற்றை ஊக்குவிக்கும். தரநிலைப்படுத்தப்பட்ட கோப்பு வடிவங்களுக்கான வலுவான மற்றும் திறமையான தரவு அணுகலுக்கான புதுமையான நிரல் தீர்வுகள், புரோட்டியோமிக்ஸ் சமூகத்தால் இந்த கோப்பு வடிவங்களை விரைவாக பரந்த அளவில் ஏற்றுக்கொள்ள உதவும். இந்த வேலையில், mzML கோப்பு வடிவத்தில் ஸ்பெக்ட்ரல் தரவை அணுகுவதற்கான அல்காரிதம்களை ஒப்பிடுகிறோம். எக்ஸ்எம்எல் கோப்பாக, எக்ஸ்எம்எல்-குறிப்பிட்ட கிளாஸ் வகைகளைப் பயன்படுத்தும் போது, ​​எம்எஸ்எம்எல் கோப்புகள் தரவு கட்டமைப்புகளை திறம்பட பாகுபடுத்த அனுமதிக்கின்றன. இந்த வகுப்புகள் கோப்புகளுக்கான தொடர் அணுகலை மட்டுமே வழங்குகின்றன. இருப்பினும், புரோட்டியோமிக்ஸ் தரவுத்தொகுப்புகளைச் செயலாக்க பல அல்காரிதம் பயன்பாடுகளில் ஸ்பெக்ட்ரல் தரவுக்கான சீரற்ற அணுகல் தேவைப்படுகிறது. இங்கே, ஒரு தொடர் அணுகலை சீரற்ற அணுகலாக மாற்ற நினைவக ஸ்ட்ரீம்களை செயல்படுத்துவதை நாங்கள் நிரூபிக்கிறோம். எங்கள் பயன்பாடு நேர்த்தியான XML பாகுபடுத்தும் திறன்களைப் பாதுகாக்கிறது. வரிசைமுறை மற்றும் சீரற்ற அணுகல் முறைகளில் கோப்பு அணுகல் நேரங்களை தரப்படுத்துவது, சிறிய எண்ணிக்கையிலான ஸ்பெக்ட்ராவிற்கு சீரற்ற அணுகல் அதிக நேரம் திறமையாக இருக்கும், அதிக எண்ணிக்கையிலான ஸ்பெக்ட்ரா தொடர் அணுகலை மீட்டெடுப்பது மிகவும் திறமையானது என்பதைக் காட்டுகிறது. கல்வித்துறை மற்றும் தொழில்துறையிலிருந்து மற்ற கோப்பு அணுகல் முறைகளுடன் ஒப்பீடுகளையும் வழங்குகிறோம்.