ஜர்னல் ஆஃப் டேட்டா மைனிங் இன் ஜெனோமிக்ஸ் & புரோட்டியோமிக்ஸ்

சுருக்கம்

லெகுமினோசே குடும்பத்தில் பாதுகாக்கப்பட்ட ஆர்பிசிஎல் அமினோ அமில வரிசைகளின் ஹோமோலஜி மாடலிங்

சாகர் எஸ் படேல், மேகா பி வைத்யா மற்றும் திப்தி பி ஷா

இந்த ஆய்வு இந்தியாவில் குஜராத் மாநிலத்தில் காணப்படும் சில லெகுமினோசே குடும்ப இனங்களின் ஹோமோலஜி மாடலிங் மீது கவனம் செலுத்துகிறது. லெகுமினோசே குடும்பத்தில் மூன்று துணைக் குடும்பங்கள் உள்ளன, அவை ஃபேபேசி (பாபிலியோனேசி), சீசல்பினியேசி மற்றும் மிமோசேசியே. ஒவ்வொரு துணைக் குடும்பத்திலும் சில இனங்களின் rbcL புரத வரிசைகள் மற்றும் ஹோமோலஜி மாடலிங்கிற்காகக் கருதப்படும் பாதுகாக்கப்பட்ட அமினோ அமிலங்கள் மூலம் பல வரிசை சீரமைப்பு மேற்கொள்ளப்படுகிறது. பரிணாம ரீதியாக தொடர்புடைய புரதங்கள் ஒரே மாதிரியான தொடர்களைக் கொண்டுள்ளன மற்றும் இயற்கையாக நிகழும் ஹோமோலோகஸ் புரதங்கள் ஒரே மாதிரியான புரத அமைப்பைக் கொண்டுள்ளன. முப்பரிமாண புரதக் கட்டமைப்பு பரிணாம ரீதியாக வரிசைப் பாதுகாப்பின் அடிப்படையில் மட்டும் எதிர்பார்க்கப்படுவதை விட அதிகமாகப் பாதுகாக்கப்படுவதாகக் காட்டப்பட்டுள்ளது; சில அமினோ அமிலங்கள் வெவ்வேறு இனத்தைச் சேர்ந்தவையாக இருந்தாலும், ஒவ்வொரு துணைக் குடும்பத்திலும் ஒரே அடிப்படை ஜோடிகளுடன் பொதுவானவை என்பதை நாங்கள் கண்டறிந்தோம். எங்கள் ஆய்வின் PDB தரவுத்தளத்தில் பாதுகாக்கப்பட்ட அமினோ அமிலங்களின் புரோட்டீன் அமைப்பு எதுவும் இல்லை, எனவே நாங்கள் மூன்று rbcL புரத வரிசைகளின் (ஒவ்வொரு துணை குடும்பத்திலிருந்தும் ஒன்று) ஹோமோலஜி மாடலிங் செய்தோம், அவை ராமச்சந்திரன் ப்ளாட்டுடன் பல வரிசை சீரமைப்பு மற்றும் கட்டமைப்பு சரிபார்ப்பு மேற்கொள்ளப்பட்டன. மற்றும் CASTp சேவையகம் முன்னறிவிக்கப்பட்ட புரத கட்டமைப்பில் செயலில் உள்ள தளங்களைக் கண்டறிய பயன்படுத்தப்பட்டது மற்றும் அதன் பின்னர் அறிவிக்கப்பட்ட ஒவ்வொரு கணிக்கப்பட்ட புரதத்தின் செயல்பாடும் லெகுமினோசே குடும்பத்தில் சில பாதுகாக்கப்பட்ட ஆர்பிசிஎல் அமினோ அமில வரிசைகளின் ஹோமோலஜி மாடலிங்.