வாய்வழி நுண்ணுயிரியல் என்பது வாய்வழி நுண்ணுயிரிகளின் நுண்ணுயிரிகள் (மைக்ரோபயோட்டா) மற்றும் வாய்வழி நுண்ணுயிரிகளுக்கு இடையில் அல்லது ஹோஸ்டுடன் அவற்றின் தொடர்புகள் பற்றிய ஆய்வு ஆகும். மனித வாயில் இருக்கும் சூழல், அங்கு காணப்படும் சிறப்பியல்பு நுண்ணுயிரிகளின் வளர்ச்சிக்கு ஏற்றது. இது நீர் மற்றும் ஊட்டச்சத்துக்களின் ஆதாரத்தையும், மிதமான வெப்பநிலையையும் வழங்குகிறது. அமில உணர்திறன் நுண்ணுயிரிகள் ஹைட்ரோகுளோரிக் அமிலத்தால் அழிக்கப்படும் வாயில் இருந்து வயிற்றில் இயந்திர சுத்திகரிப்புகளை எதிர்க்க வாயில் வசிக்கும் நுண்ணுயிரிகள் பற்கள் மற்றும் ஈறுகளில் ஒட்டிக்கொள்கின்றன.