நுண்ணுயிர் & உயிர்வேதியியல் தொழில்நுட்ப இதழ்

சுருக்கம்

மெட்டஜெனோம் யுகத்தில் நுண்ணுயிர் மரபணுக்களுக்குத் திரும்புதல்

எரிக் ஆல்டர்மேன்

நுண்ணுயிர் சுற்றுச்சூழல் அமைப்புகள், பைலோஜெனடிக் பன்முகத்தன்மை மற்றும் மரபணு சிக்கலானது ஆகியவற்றில் மெட்டாஜெனோமிக்ஸ் கணிசமாக விரிவடைந்துள்ளது. ஒரு சில ஆண்டுகளில், நுண்ணுயிர் மரபியல் வரிசைப்படுத்தப்பட்ட முதல் சுதந்திரமான உயிரினத்தின் 1.8 மெகாபேஸ் ஜோடி (Mbp) மரபணுவிலிருந்து (1995 இல் ஹீமோபிலஸ் இன்ஃப்ளூயன்ஸா Rd [1]) இப்போது உருவாக்கப்படும் (மெட்டா) மரபணு நிரல்களுக்கு வியத்தகு உயர்வைக் கண்டது. ஒவ்வொன்றும் ஒரு டெராபேஸ் ஜோடி வரிசை தரவுகளை விட அதிகம். இந்த முன்னேற்றங்கள் பெருகிய முறையில் அதிக சக்திவாய்ந்த வரிசைமுறை தொழில்நுட்பங்களால் சாத்தியமாகியுள்ளன. ஃப்ளோரசன்ட் ஸ்லாப்-ஜெல் எலக்ட்ரோபோரேசிஸ் முறைகள் தந்துகி அடிப்படையிலான அமைப்புகளால் மாற்றப்பட்டன, இது செயல்திறன் மற்றும் ஆட்டோமேஷன் மட்டத்தில் குறிப்பிடத்தக்க அதிகரிப்பைக் கொண்டு வந்தது. "தொகுப்பு மூலம் வரிசைப்படுத்துதல்" அறிமுகத்துடன் ஒரு படி மாற்றம் வந்தது. இந்த தொழில்நுட்பம் 'பைரோசென்சிங்' என வணிகமயமாக்கப்பட்டது, குறிப்பாக 454 லைஃப் சயின்சஸ். ஆரம்பத்தில் 100-200 நியூக்ளியோடைடுகளின் (NT) குறைவான வாசிப்பு நீளத்தை மட்டுமே வழங்கும் அதே வேளையில், குறைந்த அடிப்படை அழைப்புத் தரம் மற்றும் நியூக்ளியோடைடுகளின் ஹோமோபாலிமெரிக் நீட்டிப்புகளில் சிக்கல்கள் இருந்தன, இது கேபிலரி சாங்கரிலிருந்து வரிசைப்படுத்தும் திறனில் (ஓட்டிற்கு 400 Mbp வரை) ஒரு பாய்ச்சலை வழங்கியது. - அடிப்படையிலான வரிசைமுறை தொழில்நுட்பங்கள். அதன் பின்னர் பல அடுத்த தலைமுறை வரிசைமுறை இயங்குதளங்கள் வணிகமயமாக்கப்பட்டுள்ளன (இல்லுமினா, SOLID, அயன் டோரண்ட் போன்றவை), ஒவ்வொன்றும் ஒரு ஓட்டத்திற்கு பெறப்பட்ட வரிசை தகவல்களின் அளவை அதிகரிக்கின்றன (இலுமினா HiSeq2500 தற்போது ஒரு ஓட்டத்திற்கு 600 Gbp வரை வழங்குகிறது). ஒற்றை மூலக்கூறு நிகழ்நேர (SMRT) வரிசைமுறை இன்னும் ஆரம்ப நிலையில் உள்ளது, இது "அடுத்த பெரிய விஷயம்" மற்றும் முன்மாதிரிகள் (முக்கியமாக பசிபிக் உயிரியலில் இருந்து) தற்போது சோதனை செய்யப்படுகின்றன.