ஜர்னல் ஆஃப் டேட்டா மைனிங் இன் ஜெனோமிக்ஸ் & புரோட்டியோமிக்ஸ்

சுருக்கம்

'அஸ்காரியாசிஸ்' இலிருந்து மேஜர் ஹிஸ்டோகாம்பேடிபிலிட்டி காம்ப்ளக்ஸ் பைண்டிங் ஆன்டிஜெனிக் பெப்டைட்களை அடையாளம் காண்பதற்கான கணக்கீட்டு அணுகுமுறை

மிஸ்ரா எஸ் மற்றும் கோமாஸ் வி.எஸ்

அஸ்காரிஸ் லும்ப்ரிகாய்டுகள் மனிதர்களில் 'அஸ்காரியாசிஸை' ஏற்படுத்துகின்றன, மேலும் அதை அகற்றுவது பொதுமக்களின் முக்கிய கவலையாகும். இந்த தற்போதைய விசாரணையில், PSSM (Position Scoring Matrices) மற்றும் SVM (Support Vector Machine) அல்காரிதம்கள் போன்ற கணக்கீட்டு அணுகுமுறையுடன் MHC (Major Histocompatibility Complex) வகுப்பு I & II பைண்டிங் பெப்டைட்களை நாங்கள் கணித்துள்ளோம். சைட்டோக்ரோம் பி (மைட்டோகாண்ட்ரியன்) புரதத்தின் பெப்டைட் பைண்டர்கள் அஸ்காரிஸ் லம்ப்ரிகாய்டு வரிசையிலிருந்து MHC-I மூலக்கூறுகள் வரை 11mer_H2_Db, 10mer_H2_Db, 9mer_H2_Db, 8mer_H2_Db என கணிக்கிறோம். மேலும் ஆய்வு பெப்டைட் MHC வகுப்பு I பிணைப்பின் முன்கணிப்பை ஒருங்கிணைக்கிறது; அமினோ அமிலங்களின் வரிசை மற்றும் பண்புகளைப் பயன்படுத்தி புரோட்டீசோமால் சி முனைய பிளவு மற்றும் TAP போக்குவரத்து திறன். பொசிஷன் ஸ்பெசிபிக் ஸ்கோரிங் மேட்ரிக்ஸைப் பயன்படுத்தி பெப்டைட்களை வெவ்வேறு அல்லீல்களுடன் பிணைப்பதையும் நாங்கள் கண்டறிந்தோம். ஆன்டிஜெனிக் MHC பைண்டிங் பெப்டைட்களைக் கொண்ட 357 பெயர்கள் இல்லாத அஸ்காரிஸ் லம்ப்ரிகாய்டுகளிலிருந்து (365 எச்சங்கள் நீளம்) சைட்டோக்ரோம் பி. PSSM அடிப்படையிலான சேவையகம், அஸ்காரிஸ் லம்ப்ரிகாய்டுகளில் இருந்து சைட்டோக்ரோம் B இல் உள்ள ஆன்டிஜெனிக் எபிடோப்கள் பகுதியில் காணப்படும் I_Ab.p, I_Ad.p, I_Ag7 என வரிசையிலிருந்து MHCII மூலக்கூறுகள் வரையிலான பெப்டைட் பைண்டர்களை கணிக்கும். இந்த விசாரணை பகுத்தறிவு தடுப்பூசி வடிவமைப்பில் பயனுள்ளதாக இருக்கும் மற்றும் அதே நேரத்தில் ஆன்டிஜெனிக் எதிராக நோயெதிர்ப்பு மண்டலத்தின் பங்கைப் புரிந்துகொள்வதை அதிகரிக்கும்.