ஜர்னல் ஆஃப் டேட்டா மைனிங் இன் ஜெனோமிக்ஸ் & புரோட்டியோமிக்ஸ்

சுருக்கம்

அம்போரெல்லா ட்ரைக்கோபோடாவில் பாதுகாக்கப்பட்ட மைஆர்என்ஏக்கள் மற்றும் அவற்றின் இலக்குகளின் கணக்கீட்டு அடையாளம், தன்மை மற்றும் பகுப்பாய்வு

ஹாஜிக்ராரி பி, ஃபரோகி என், கோலியாய் பி மற்றும் கவுசி கே

மைக்ரோஆர்என்ஏக்கள் (மைஆர்என்ஏக்கள்) என்பது சுமார் 22 நியூக்ளியோடைடுகளின் ஒற்றை இழையில்லாத குறியீட்டு எண்டோஜெனஸ் ஸ்மால் ஆர்என்ஏக்கள் ஆகும், இவை நேரடியாக டிரான்ஸ்கிரிப்ஷனல் மட்டத்தில் மரபணு வெளிப்பாட்டைக் கட்டுப்படுத்துவதில் ஈடுபட்டுள்ளன. மைஆர்என்ஏக்கள் வளர்ச்சி மற்றும் உயிரியல் மற்றும் அஜியோடிக் அழுத்தங்களுக்கு பதிலளிப்பதில் முக்கிய பங்கு வகிக்கின்றன. ஹோமோலஜி தேடல்கள் புதிய மைஆர்என்ஏக்களை அடையாளம் காண அனுமதிக்கின்றன, ஏனெனில் அவை தாவர இனங்களில் அதிக பாதுகாப்பு உள்ளது. இங்கே, அம்போரெல்லா ட்ரைக்கோபோடாவிற்கு மைஆர்என்ஏக்கள் அடையாளம் காணப்பட்டன. miRBase இலிருந்து அறியப்பட்ட மற்றும் தனித்துவமான தாவர மைஆர்என்ஏக்கள் ஏ. டிரைக்கோபோடாவில் எக்ஸ்பிரஸ்டு சீக்வென்ஸ் டேக் (EST) மற்றும் ஜீனோமிக் சர்வே சீக்வென்ஸ் (GSS) ஆகியவற்றுக்கு எதிராக BLAST-தேடப்பட்டது. மைஆர்என்ஏ வடிகட்டுதல் அளவுகோல்களின் மூலம் பொருத்தமான மடிப்பு பின்புற அமைப்பைக் கொண்ட அனைத்து வேட்பாளர் காட்சிகளும் திரையிடப்பட்டன. இறுதியாக, EST களில் இருந்து 5 miRNA மரபணு குடும்பங்களுக்குச் சொந்தமான 5 சாத்தியமான பாதுகாக்கப்பட்ட miRNA களையும், GSS களில் இருந்து 39 miRNA குடும்பங்களைச் சார்ந்த 82 புதிதாக அடையாளம் காணப்பட்ட miRNA களையும் நாங்கள் கண்டறிந்து பகுப்பாய்வு செய்தோம். அடையாளம் காணப்பட்ட மைஆர்என்ஏக்களின் சாத்தியமான இலக்கு மரபணுக்கள், ஏ. டிரைகோபோடா மரபணு வரிசைகளின் சாரக்கட்டு ஒதுக்கீட்டிற்கு எதிராக psRNATarget ஐப் பயன்படுத்தி அந்தந்த miRNA களுக்கு அவற்றின் வரிசை நிரப்புத்தன்மையின் அடிப்படையில் அடையாளம் காணப்பட்டன. மொத்தமாக, ஏ. டிரைக்கோபோடா மரபணுவில் 1219 இலக்கு தளங்கள் அடையாளம் காணப்பட்டன. இதிலிருந்து, 941 (77.19%) மைஆர்என்ஏ பிளவுக்கு உட்பட்டதாகக் கணிக்கப்பட்டது மற்றும் 278 (22.81%) சாரக்கட்டுகள் எம்ஆர்என்ஏவின் மொழிபெயர்ப்பு ஒடுக்குமுறை மூலம் கட்டுப்படுத்தப்பட்டன. கணிக்கப்பட்ட மைஆர்என்ஏக்களில் இருந்து, 18க்கு ஏ.ட்ரிகோபோடாவில் இலக்கு வரிசை இல்லை.