நுண்ணுயிர் & உயிர்வேதியியல் தொழில்நுட்ப இதழ்

சுருக்கம்

லிஸ்டீரியா மோனோசைட்டோஜென்களுக்கான வணிக வரிசை அடிப்படையிலான திரிபு தட்டச்சு சேவையின் வளர்ச்சி மற்றும் மதிப்பீடு

டாம் எட்லிண்ட் மற்றும் யான்ஹாங் லியு

லிஸ்டீரியா மோனோசைட்டோஜென்கள் ஒரு முக்கியமான உணவில் பரவும் நோய்க்கிருமியாகும், மேலும், பல உணவு பதப்படுத்தும் வசதிகளில் தொடர்ந்து மாசுபடுத்தும் பொருளாகும். வெடிப்புகளைக் கண்டறிவதற்கும் விசாரணை செய்வதற்கும் ஸ்ட்ரெய்ன் டைப்பிங் முக்கியமானது, மேலும் மாசுபாட்டின் ஆதாரங்களைக் கண்டறியப் பயன்படுத்தலாம். தற்போதைய பயன்பாட்டில் உள்ள தட்டச்சு அமைப்புகள் குறைந்த தெளிவுத்திறன் மற்றும் தரவு பெயர்வுத்திறன் முதல் அதிக செலவு மற்றும் தொழில்நுட்ப சிக்கலானது வரை வரம்புகளைக் கொண்டுள்ளன. இந்த வரம்புகளை நிவர்த்தி செய்யும் L. மோனோசைட்டோஜென்ஸ் ஸ்ட்ரெய்ன் டைப்பிங்கிற்கான அவுட்சோர்சிங் விருப்பத்தை உருவாக்குவதே இந்த ஆய்வின் நோக்கமாகும். 109 விகாரங்களைக் குறிக்கும் என்சிபிஐ ஜீனோம்ஸ் தரவுத்தளமானது அதிகத் தகவல் தரக்கூடிய, மீண்டும் மீண்டும் உள்ளடக்கிய இடங்களுக்குத் திரையிடப்பட்டது. LmMT1 (0.8-1 kbp) மற்றும் LmMT2 (0.7-0.8 kbp) என அழைக்கப்படும் மிகவும் நம்பிக்கைக்குரிய, பாலிமார்பிஸத்தின் சிக்கலான வடிவங்கள் (செருக்கல்கள்/நீக்கங்கள் மற்றும் ஒற்றை நியூக்ளியோடைடு பாலிமார்பிஸங்கள்), 0.99 இன் பன்முகத்தன்மை குறியீடுகள் (LmMT91) மற்றும் (LmMT91) மற்றும் அனைத்து எல்களிலும் இருந்தனர். மோனோசைட்டோஜென்கள் மற்றும் ஒன்று (LmMT1) முதல் நான்கு (LmMT2) வரையிலான கூடுதல் லிஸ்டீரியா இனங்கள் NCBI தரவுத்தளங்களில் குறிப்பிடப்படுகின்றன. வித்தியாசமான விகாரங்களின் தொகுப்பைப் பயன்படுத்தி, மியா மற்றும் பலர். (ஜே. மைக்ரோபயோல். முறைகள், 2012, 90:285-291) இந்த இரண்டு இடங்களின் மிகவும் வரையறுக்கப்பட்ட பகுதிகளுக்கு (0.3-0.5 kbp) பன்முகத்தன்மை குறியீடுகள் 0.95 மற்றும் 0.91 என முன்னர் தெரிவிக்கப்பட்டது. LmMT1 மற்றும் LmMT2 வரிசைகளின் பைலோஜெனடிக் பகுப்பாய்வு செரோடைப் (4b, 1/2a, மற்றும் 4a வளாகங்கள்) மற்றும் பரிணாம பரம்பரை (I, II, மற்றும் III/IV) ஆகியவற்றுடன் தொடர்புடைய தனித்துவமான கிளஸ்டர்களை வெளிப்படுத்தியது. தற்போதைய தங்கத் தரமான PFGE உடனான ஒப்பீடுகள், LmMT1 தட்டச்சு ஒப்பீட்டளவில் பாரபட்சமானது என்று கூறுகின்றன. முக்கியமாக, நான்கு வெடிப்புகளின் விகாரங்கள் தொடர்புடைய கிளஸ்டர்களை உருவாக்கின, இருப்பினும் 2002 வெடித்ததில் இருந்து தொடர்புடைய சுற்றுச்சூழல் மற்றும் உணவு/மனித தனிமைப்படுத்தல்கள் அவற்றின் தொற்றுநோயியல் தொடர்பை சவால் செய்கின்றன. ஆய்வகத்தில், LmMT1 மற்றும் LmMT2 தட்டச்சு வலுவானதாக நிரூபிக்கப்பட்டது, இது அபாயகரமான வெப்ப-செயலற்ற இடைநீக்கங்களாக சமர்ப்பிக்கப்பட்ட காலனிகளில் இருந்து உயர்தர வரிசையை உருவாக்குகிறது. 62 மாறுபட்ட விகாரங்களிலிருந்து எல்எம்எம்டி1 வரிசைகளின் பகுப்பாய்வு ஒற்றை நியூக்ளியோடைடு பாலிமார்பிஸம் அடிப்படையிலான தட்டச்சுடன் ஒட்டுமொத்த உடன்பாட்டை நிரூபித்தது.