உயிர் வேதியியல் & பகுப்பாய்வு உயிர்வேதியியல்

சுருக்கம்

பாக்டீரியா சாலினிபாக்டர் ரூபர், குரோமோஹலோபாக்டர் சலெக்சிஜென்ஸ் மற்றும் ரைசோபியம் எட்லி ஆகியவற்றில் கோடான் பயன்பாட்டு சார்பு மற்றும் கோடான் சூழல் வடிவத்தின் மரபணு அளவிலான உறவினர் பகுப்பாய்வு

முகமது சமீர் ஃபரூக்கி, டிசி மிஸ்ரா, நியாதி ராய், டிபி சிங், அனில் ராய், கேகே சதுர்வேதி, ரத்ன பிரபா மற்றும் மஞ்சீத் கவுர்

கோடான் என்பது ஒரு உயிரினத்தில் புரதங்களின் தொகுப்பின் போது உயிரியல் செய்தி பரிமாற்றத்திற்கான அடிப்படை அலகு ஆகும். கோடான் பயன்பாட்டு சார்பு என்பது ஒரு உயிரினங்களில் ஒத்த கோடான்களில் முன்னுரிமைப் பயன்பாடாகும். ஒத்த கோடானின் இந்த முன்னுரிமைப் பயன்பாடு இனங்கள் மத்தியில் மட்டுமல்ல, ஒரு இனத்தின் அதே மரபணுவில் உள்ள மரபணுக்களிடையேயும் நிகழ்கிறது. கோடான் பயன்பாட்டு முறைகளின் இந்த மாறுபாடு, பிறழ்வு, சறுக்கல் மற்றும் அழுத்தம் போன்ற இயற்கை செயல்முறைகளால் கட்டுப்படுத்தப்படுகிறது. இந்த ஆய்வில், சாலினிபாக்டர் ரப்பர் (அதிக ஹாலோபிலிக்), குரோமோஹலோபாக்டர் சேலக்ஸிஜென்ஸ் (மிதமான ஹாலோபிலிக்) மற்றும் ரைசோபியம் எட்லி (நோன்ஹலோபிலிக்) ஆகியவற்றின் கோடான் பயன்பாட்டு சார்பு மற்றும் கோடான் சூழல் வடிவத்தைக் கண்டறிய கணக்கீட்டு மற்றும் புள்ளிவிவர நுட்பங்களைப் பயன்படுத்தினோம். இது தவிர, மொழிபெயர்க்கப்பட்ட அமினோ அமில அதிர்வெண்ணில் உள்ள கலவை மாறுபாடு, கோடன்களின் பயனுள்ள எண்ணிக்கை மற்றும் உகந்த கோடான்களும் ஆய்வு செய்யப்பட்டன. ENc மற்றும் GC3களின் சதி, பிறழ்வு சார்பு மற்றும் மொழிபெயர்ப்புத் தேர்வு ஆகிய இரண்டும் கோடான் சார்பு வேறுபாடுகளுக்கு பங்களிக்கின்றன. இருப்பினும், பிறழ்வு சார்பு என்பது ஹாலோபிலிக் பாக்டீரியாவில் (சாலினிபாக்டர் ரூபர் மற்றும் குரோமோஹலோபாக்டர் சேலக்சிஜென்ஸ்) ஒத்த கோடான் பயன்பாட்டு முறைகளின் உந்து சக்தியாகும், மேலும் மொழிபெயர்ப்புத் தேர்வு ஹாலோபிலிக் அல்லாத பாக்டீரியாக்களில் (ரைசோபியம் எட்லி) கோடான் பயன்பாட்டு முறையை பாதிக்கிறது. Relative Synonymous Codon Usage பற்றிய கடிதப் பகுப்பாய்வில், ஆய்வின் கீழ் உள்ள பாக்டீரியாக்களின் எண்ணிக்கையில் மாறுபடும் மரபணுக்களின் வெவ்வேறு கொத்துகள் வெளிப்படுத்தப்பட்டன. மேலும், இந்த பாக்டீரியாக்களில் கோடான் சூழல் வடிவமும் மாறிக் காணப்பட்டது. இந்த பாக்டீரியா மரபணுக்களில் கோடான் பயன்பாட்டு முறையின் மாறுபாட்டை இந்த முடிவுகள் தெளிவாகக் குறிப்பிடுகின்றன.