ஜர்னல் ஆஃப் டேட்டா மைனிங் இன் ஜெனோமிக்ஸ் & புரோட்டியோமிக்ஸ்

சுருக்கம்

மல பாக்டீரியாவின் 73 வகைகளின் 16S rDNA இன்டர்வெனிங் சீக்வென்ஸில் உள்ள ஹோஸ்ட்-குறிப்பிட்ட மரபணு குறிப்பான்களை அடையாளம் காணுதல்

Zhenyu Shen, Ning Zhang, Azlin Mustapha, Mengshi Lin, Dong Xu, Daiyong Deng, Mary Reed மற்றும் Guolu Zheng

ரைபோசோமால் இன்டர்வெனிங் சீக்வென்ஸ்கள் (ஐவிஎஸ்) சமீபத்தில் நுண்ணுயிர் மூல கண்காணிப்புக்கான (எம்எஸ்டி) மரபணு குறிப்பான்களாக முன்மொழியப்பட்டது. இந்த ஆய்வு, உயிர் தகவலியல் மற்றும் அடுத்த தலைமுறை வரிசைமுறை (NGS) அணுகுமுறைகளைப் பயன்படுத்தி 73 வகை ஆதிக்கம் செலுத்தும் மல பாக்டீரியாக்களின் 16S rDNA க்குள் IVSகளின் ஹோஸ்ட் விவரக்குறிப்புகளை விரிவாக ஆய்வு செய்தது. பதின்மூன்று வகையான IVSகள் சிலிகோவில் குறிப்பிட்ட ஹோஸ்ட் இனங்களுடன் தொடர்புடையதாக அடையாளம் காணப்பட்டன; அவை அனேரோவிப்ரியோ, பாக்டீராய்டுகள், ஃபேகலிபாக்டீரியம், மிட்சுவோகெல்லா, பெப்டோஸ்ட்ரெப்டோகாக்கஸ், பாஸ்கோலார்க்டோபாக்டீரியம் மற்றும் சப்டோலிகிரானுலம் வகைகளின் பாக்டீரியாக்களில் காணப்பட்டன. பதின்மூன்று வகையான IVSகளின் DNA வரிசைகளின் அடிப்படையில், பாலிமரேஸ் சங்கிலி எதிர்வினை (PCR) மதிப்பீடுகள் உருவாக்கப்பட்டன. இலக்கு மற்றும் இலக்கு அல்லாத ஹோஸ்ட் இனங்களின் மல DNA மாதிரிகளைப் பயன்படுத்தி PCR பெருக்கங்கள் 13 IVS களில் எட்டு மனித, கோழி/வான்கோழி, மாட்டிறைச்சி கால்நடை/பன்றி, அல்லது குதிரை/பன்றி/மனித மலம் ஆகியவற்றுடன் மிகவும் தொடர்புடையவை என்பதை நிரூபித்தது. IVS பாலிமார்பிஸங்களின் அடிப்படையில், பல ஹோஸ்ட் இனங்களுடன் இணைக்கப்பட்டவர்களிடமிருந்து ஒற்றை ஹோஸ்ட்-தொடர்புடைய IVSகளைத் தேட NGS பயன்படுத்தப்பட்டது. இதன் விளைவாக, மாட்டிறைச்சி கால்நடைகளுக்கான புதிய வகை IVS கண்டறியப்பட்டு, கால்நடைகள் மற்றும் கால்நடைகள் அல்லாத மல மாதிரிகளைப் பயன்படுத்தி PCR பெருக்கம் மூலம் உறுதிப்படுத்தப்பட்டது. சில IVSகள் MSTக்கான மரபணு குறிப்பான்களாகப் பயன்படுத்தப்படலாம் என்றும் புதிய ஹோஸ்ட்-குறிப்பிட்ட மரபணு குறிப்பான்களை அடையாளம் காண NGS பயனுள்ளதாக இருக்கும் என்றும் முடிவுகள் தெரிவிக்கின்றன.