நுண்ணுயிர் & உயிர்வேதியியல் தொழில்நுட்ப இதழ்

சுருக்கம்

Escherichia coli இல் YdcI டிரான்ஸ்கிரிப்ஷனல் ரெகுலேட்டரால் TCA சுழற்சியின் வளர்சிதை மாற்றக் கட்டுப்பாடு

யூசுகே நிஷியோ, டோமோகோ சுசுகி, கசுஹிகோ மாட்சுய் மற்றும் யோஷிஹிரோ உசுடா

வளர்சிதை மாற்ற நொதிகளை குறியாக்கம் செய்யும் மரபணுக்களின் வெளிப்பாட்டின் கட்டுப்பாடு மற்றும் கட்டுப்பாட்டைப் புரிந்துகொள்வது நுண்ணுயிரிகளைப் பயன்படுத்தி உற்பத்தி செய்வதற்கு முக்கியமானது. ஒழுங்குமுறை நெட்வொர்க் அமைப்புகளை அடையாளம் காண்பதில் உள்ள தொழில்நுட்ப சிக்கல்களை சமாளிக்க, டிரான்ஸ்கிரிப்டோம் மற்றும் மரபணு வரிசை தரவுகளை இணைத்து டிஎன்ஏ மையக்கருத்தைக் கண்டறியும் செயல்முறையை வடிவமைத்துள்ளோம். மரபணு-வெளிப்பாடு ஒழுங்குமுறையில் ஈடுபட்டுள்ள டிஎன்ஏ மையக்கருத்தை அடையாளம் காண ஒரு மாதிரியாக, TCA சுழற்சி மற்றும் ஆற்றல் வளர்சிதை மாற்றத்தில் ஈடுபட்டுள்ள மரபணுக்களைக் கட்டுப்படுத்தும் Escherichia coli இன் ArcAB இரண்டு-கூறு அமைப்பை இங்கே பயன்படுத்தினோம். டிஎன்ஏ-வரிசை தரவு ΔarcA மற்றும் ΔarcB E. coli விகாரங்களிலிருந்து மேல்-ஒழுங்குபடுத்தப்பட்ட மரபணுக்களைப் பிரித்தெடுக்கப் பயன்படுத்தப்பட்டது, மேலும் அப்ஸ்ட்ரீம் வரிசைகள் DNA-மோடிஃப் கண்டுபிடிப்புக்கு உட்படுத்தப்பட்டன. வரிசை ஒற்றுமை மற்றும் பாதுகாக்கப்பட்ட எச்சங்கள் அறியப்பட்ட ArcA-பைண்டிங் மையக்கருத்தையும் ஒரு நாவல் DNA-மோடிஃப் வேட்பாளரையும் அடையாளம் கண்டுள்ளன, இது YdcI உடன் தொடர்புடையதாக மதிப்பிடப்பட்டது, இது LysR-வகை டிரான்ஸ்கிரிப்ஷனல் ரெகுலேட்டராகும். ஒரு அனுமான YdcI-பிணைப்பு மையக்கருத்து gltA மரபணுவின் மேல்நிலையில் கண்டறியப்பட்டது, இது TCA சுழற்சியில் கார்பன் பாய்ச்சலை YdcI கட்டுப்படுத்தக்கூடும் என்று பரிந்துரைக்கிறது. இதை சரிபார்க்க, ydcI மரபணு-பெருக்கப்பட்ட விகாரத்தில் எல்-குளுடாமிக்-அமில உற்பத்தி மற்றும் சிட்ரேட் சின்தேஸ் செயல்பாடு ஆகியவை ஆராயப்பட்டன. எங்கள் கண்டுபிடிப்புகள் YdcI என்பது gltA மற்றும் பிற மரபணுக்களின் வெளிப்பாட்டைக் கட்டுப்படுத்தும் ஒரு டிரான்ஸ்கிரிப்ஷன் காரணியாகும், மேலும் TCA சுழற்சியில் கார்பன் பாய்ச்சலைக் கட்டுப்படுத்துகிறது.