ஜர்னல் ஆஃப் பார்மகோஜெனோமிக்ஸ் & பார்மகோபுரோட்டியோமிக்ஸ்

சுருக்கம்

புரோட்டீன்-லிகண்ட் பிணைப்பு தொடர்பு கணிப்பு: செயற்கை நுண்ணறிவு மற்றும் குவாண்டம் வேதியியலுடன் என்ட்ரோபிக் பங்களிப்பை அளவிடுதல்

எவாஞ்சலிடிஸ் டி

செயற்கை வேதியியல் மற்றும் தசைநார் பிணைப்பு மதிப்பீட்டு தொழில்நுட்பங்களில் முன்னேற்றங்கள் இருந்தபோதிலும், ஆயிரக்கணக்கான சேர்மங்களை ஒருங்கிணைத்து சோதிப்பதற்கான நேரம் மற்றும் செலவு தடைசெய்யப்பட்டுள்ளது. இங்கு, மிகத் துல்லியமான, 1-வினாடி வேகமான, 2D-லிகண்ட் அடிப்படையிலான பிணைப்பு இணைப்புக் கணிப்புக்கான, குறைந்த மனித உள்ளீடுகளுடன் கூடிய ஆழமான ஸ்காஃப்ஆப்ட் அல்காரிதம் வழங்கப்படும். deepScaffOpt செயற்கை நுண்ணறிவை "பறக்க" ஒரு ஏற்பி-குறிப்பிட்ட மெட்டா-பிரெடிக்டரை உருவாக்குகிறது, இது பல ஆழமான நரம்பியல் நெட்வொர்க்குகளின் வெளியீட்டை ஒருங்கிணைக்கிறது, இது
2D இரசாயன அமைப்பு பற்றிய தகவல்களை மட்டுமே கொண்டு செல்லும் அம்ச திசையன்களிலிருந்து ("வார்ஹெட்ஸ்") வடிவமைக்கப்பட்டுள்ளது. டீப்ஸ்காஃப்ஆப்ட்டின் ஆயுதக் களஞ்சியமானது மேக்ரோசைக்கிள்கள், கோவலன்ட் இன்ஹிபிட்டர்கள், பெப்டிடோமிமெடிக்ஸ் மற்றும் சிறிய துண்டுகள் உட்பட பலவிதமான மூலக்கூறுகளுக்கு ஏற்ற போர்க்கப்பல்களைக் கொண்டுள்ளது. deepScaffOpt இன் தானியங்கு ஸ்கோரிங் நெறிமுறை D3R கிராண்ட் சவால்கள் 2017 & 2018 இல் சிறந்த செயல்திறனைப் பெற்றது, மேலும் இலவச ஆற்றல் இடையூறுகளை (FEP) விட சோதனைக்கு மிக நெருக்கமான இலவச ஆற்றல்களைக் கணிக்க முடியும். கட்டமைப்பு அடிப்படையிலான முறைகளைப் போலன்றி, டீப்ஸ்காஃப்ஆப்ட் ஏற்பி அமைப்பு இல்லாத நிலையில் நன்றாக வேலை செய்ய முடியும், மேலும் புதிய பல்வேறு வெற்றி சேர்மங்களைக் கண்டறிய பெரிய இரசாயன நூலகங்களின் மெய்நிகர் திரையிடலுக்கு எளிதாக மாற்றியமைக்க முடியும், அத்துடன் ஆஃப்-இலக்கு கணிப்பு மற்றும் மருந்து மறுபயன்பாடு. இருப்பினும், பயிற்சி மாதிரிகள் இல்லாத நிலையில், ஒருவர் முதல் கொள்கைகளை நாட வேண்டும். எனவே, இணையான அரை அனுபவ குவாண்டம் மெக்கானிக்கல் (SQM) இலவச ஆற்றல் முறைகளை உருவாக்குகிறோம் [2]. நேட்டிவ் போஸ் அங்கீகாரத்தில் SQM ஸ்கோரிங் நெறிமுறைகளின் மேன்மையை நாங்கள் நிரூபித்துள்ளோம், மேலும் என்டல்பியால் பிணைப்பு ஆதிக்கம் செலுத்தும் பல்வேறு அமைப்புகளில் மிகவும் பரவலாகப் பயன்படுத்தப்படும் டாக்கிங் ஸ்கோரிங் செயல்பாடுகளில் அடையாளம் காணப்பட்டது. ஒரு புதிய SQM-அடிப்படையிலான லிகண்ட் கன்ஃபார்மேஷனல் என்ட்ரோபி டிஸ்கிரிப்டர் சமீபத்தில் அறிமுகப்படுத்தப்பட்டது, இது சிறந்த செயல்திறனுக்காக இயற்பியல் அடிப்படையிலான மற்றும் இயந்திர கற்றல் முறைகள் இரண்டையும் இணைக்கலாம். இந்த விளக்கக்காட்சியில் காண்பிக்கப்படும் வழக்கு ஆய்வுகளில், என்டல்பி மட்டும் தடுப்புச் செயல்பாட்டை விளக்கத் தவறிவிட்டது, ஆனால் என்ட்ரோபி டிஸ்கிரிப்டருடன் மேம்படுத்தப்பட்ட SQMஸ்கோரிங் நிலைமையை மாற்றியது. என்ட்ரோபி டிஸ்கிரிப்டர் டீப்ஸ்காஃப்ஆப்ட்டின் போர்க்கப்பல்களில் இணைக்கப்பட்டபோது ஒத்த விளைவுகள் காணப்பட்டன.