ஜர்னல் ஆஃப் டேட்டா மைனிங் இன் ஜெனோமிக்ஸ் & புரோட்டியோமிக்ஸ்

சுருக்கம்

SlopMap: துல்லியமான K-Mer பொருத்தத்தைப் பயன்படுத்தி இதே போன்ற தொடர்களை விரைவாகவும் நெகிழ்வாகவும் அடையாளம் காண ஒரு மென்பொருள் பயன்பாட்டுக் கருவி

இலியா ஒய் ஸ்பன்னிகோவ், சாமுவேல் எஸ் ஹண்டர், மத்தேயு எல் செட்டில்ஸ் மற்றும் ஜேம்ஸ் எ ஃபாஸ்டர்

அடுத்த தலைமுறை (NG) வரிசைமுறையின் வருகையுடன், ஒரு முழு மரபணுவையும் விரைவாகவும் மலிவாகவும் வரிசைப்படுத்துவது சாத்தியமாகியுள்ளது. இருப்பினும், சில சோதனைகளில் ஒருவர் வரிசை வாசிப்பின் ஒரு பகுதியை மட்டுமே பிரித்தெடுக்க வேண்டும், எடுத்துக்காட்டாக டிரான்ஸ்கிரிப்டோம் ஆய்வுகள், மைட்டோகாண்ட்ரியல் மரபணுக்களை வரிசைப்படுத்துதல் அல்லது எக்ஸோம்களை வகைப்படுத்தும் போது. ஒரு முழுமையான மரபணுவின் மூல டிஎன்ஏ-நூலகத்தில் ஆர்வமுள்ள வாசிப்புகளை அடையாளம் காண்பது ஒரு அற்பமான பிரச்சனையாகத் தோன்றும். ஆனால், அசெம்பிளரின் கோப்பு உள்ளீடுகளுடன் பொருந்தாமையின் காரணமாகவோ அல்லது அசெம்பிளி கட்டத்திற்கு முன், BLAST, BLAT, Bowtie, மற்றும் SOAP போன்ற நன்கு அறியப்பட்ட கருவிகளை நேரடியாக உயிர் தகவலியல் குழாய்களில் இணைப்பது எப்போதும் எளிதானது அல்ல. தனித்தனியாக பிரித்தெடுக்கப்பட வேண்டிய தகவலை இணைப்பது விரும்பத்தக்கது. எடுத்துக்காட்டாக, ரோச் 454 சீக்வென்சரில் இருந்து ஃப்ளோகிராம்களை நியூப்ளர் அசெம்பிளரில் இணைக்க, முதலில் அவற்றை அசல் SFF கோப்புகளிலிருந்து பிரித்தெடுக்க வேண்டும். ரோச் 454 அல்லது இல்லும்னியா டிஎன்ஏ நூலகத்திலிருந்து வழங்கப்பட்ட இலக்கு வரிசைகளைப் போலவே விரைவான அடையாளம் காண அனுமதிக்கும் உயிரித் தகவல் மென்பொருள் பயன்பாடான SlopMap ஐ வழங்குகிறோம். அசெம்பிளி நிரல்களுடன் இணக்கமான கோப்பு வெளியீட்டு வடிவங்களுடன் எளிமையான மற்றும் உள்ளுணர்வு கட்டளை-வரி இடைமுகத்துடன், எந்த கூடுதல் நிரலாக்க வேலையும் இல்லாமல் SlopMap நேரடியாக உயிரியல் தரவு செயலாக்க பைப்லைனில் உட்பொதிக்கப்படலாம். கூடுதலாக, SlopMap Roche 454 அசெம்பிளருக்குத் தேவையான ஃப்ளோகிராம் தகவலைப் பாதுகாக்கிறது.