ஜர்னல் ஆஃப் டேட்டா மைனிங் இன் ஜெனோமிக்ஸ் & புரோட்டியோமிக்ஸ்

சுருக்கம்

சிஜிஎல்இயின் எஃப்ஏடி-பைண்டிங் டொமைனின் கட்டமைப்புத் தன்மை, மெனிங்கிடிக் ஈ.கோலை கே1 இல் புட்டேட்டிவ் டீஹைட்ரோலிபோமைடு டீஹைட்ரோஜினேஸ்

யி-மிங் வாங் மற்றும் ஹாங் காவ்

E. coli K1 CglE இன் FAD-பைண்டிங் டொமைனின் கட்டமைப்பு அம்சங்களை வகைப்படுத்த, ஒரு dehydrolipoamide dehydrogenase (DLDH) ஹோமோலஜி மாடலிங் மூலம். CglE இன் E. coli K1 மற்றும் பிற DLDHகளின் FAD-பைண்டிங் டொமைனின் a-subunit உடன் N-டெர்மினல் எச்சங்களின் 1-70 வரிசை ஒற்றுமை CglE இன் FAD-பைண்டிங் டொமைனின் வடிவமைப்பிற்கு அடிப்படையாக அமைந்தது. CglEக்கான ஹோமோலஜி மாடலிங்கிற்கான ஒரு திருப்தியான டெம்ப்ளேட்டைக் கண்டுபிடிக்காததன் விளைவாக, இரண்டு டெம்ப்ளேட்டுகள் (PDB குறியீடு 2q7vA மற்றும் 1jehA) மல்டி-டெம்ப்ளேட் மாடலிங்கிற்கான ஆன்லைன் ஹோமோலஜி மாடலிங் செயல்முறை மூலம் பெறப்பட்டது. உயர்தர இலக்கு புரதத்தைப் பெற, ஒரு கணக்கீட்டு உயிர் தகவலியல் மென்பொருள் Accelrys Discovery Studio கிளையன்ட் 2.5 மற்றும் பல தானியங்கு ஆன்லைன் சேவையகங்கள் பயன்படுத்தப்பட்டன. சீரமைப்புகளின் ஒப்பீட்டளவில் குறைந்த அடையாளத்தின் காரணமாக, ஹோமோலஜி மாதிரியை மேம்படுத்த முயற்சிக்கும் இரண்டு வார்ப்புருக்கள் கருத்தில் கொள்ளப்பட்டன. MD உருவகப்படுத்துதல்கள், ஆற்றல் குறைத்தல், ராமச்சந்திரன் ப்ளாட் மற்றும் பிற அளவீடுகள் உள்ளிட்ட வடிவியல் மற்றும் ஆற்றல்மிக்க அம்சங்களின் அடிப்படையில் மறுபடி செய்யப்பட்ட மாதிரியின் தரம் மதிப்பிடப்பட்டது.