நுண்ணுயிர் & உயிர்வேதியியல் தொழில்நுட்ப இதழ்

சுருக்கம்

பாக்டீரியாவின் qPCR கண்டறிதலில் முன் சிகிச்சையின் விளைவுகள் - பாக்டீரியா காட்டி, ஒரு மாதிரியாக என்டோரோகோகஸ்

ஷின் கீக் கோ மற்றும் கரினா யூ-ஹூங் ஜின்

தற்போதைய பொழுதுபோக்கு நீர் வழிகாட்டுதல்கள் (எ.கா. USEPA மற்றும் WHO) நன்னீர் மற்றும் கடல் நீர் இரண்டிற்கும் குறிகாட்டியாக என்டோரோகோகியை பரிந்துரைக்கின்றன. பல தசாப்தங்களாக என்டோரோகோகியின் இருப்பைக் கணக்கிட கலாச்சார அடிப்படையிலான முறை பயன்படுத்தப்படுகிறது. 2012 ஆம் ஆண்டில், பொழுதுபோக்கிற்கான நீருக்கான USEPA வழிகாட்டுதலில் qPCR ஆனது என்டோரோகோகியைக் கண்டறிய மாற்று முறையாகும். qPCR முறைக்கு கலாச்சார அடிப்படையிலான முறையின்படி நீண்ட அடைகாக்கும் நேரம் தேவையில்லை. கூடுதலாக, இது அதிக விவரக்குறிப்பு மற்றும் உணர்திறன் கண்டறிதலின் நன்மைகளை வழங்குகிறது. ஆயினும்கூட, qPCR மூன்று முக்கிய கட்டுப்படுத்தும் காரணிகளால் தடைபட்டது. qPCR ஆல் பகுப்பாய்வு செய்யப்படும் சிறிய அளவிலான மாதிரியில் வரையறுக்கப்பட்ட இலக்கு செல் உள்ளது, qPCR இன் உணர்திறன் கண்டறிதலை எளிதில் பாதிக்கும் தடுப்பான்களின் இருப்பு மற்றும் qPCR இல் தவறான-நேர்மறை சமிக்ஞையை ஏற்படுத்திய இலவச டிஎன்ஏ (இறந்த கலத்திலிருந்து வெளியிடப்பட்ட டிஎன்ஏ) நிலைத்தன்மை. . எனவே, qPCR கண்டறிதலின் துல்லியத்திற்கு அப்ஸ்ட்ரீம் சிகிச்சைகள் முக்கியமானவை. மூன்று வெவ்வேறு முன் செறிவு முறைகள் (i) நைலான் படலத்துடன் வடிகட்டுதல்; (ii) பாலிகார்பனேட் சவ்வுடன் வடிகட்டுதல் மற்றும் (ii) மையவிலக்கு, அவற்றின் மீட்பு விகிதத்திற்காக ஆராயப்பட்டது. பாலிகார்பனேட் சவ்வுடன் வடிகட்டுதல், மாதிரி மெட்ரிக்குகளைப் பொருட்படுத்தாமல் அதிக மீட்பு திறன் மற்றும் சீரான முடிவுகளை வழங்குவதாக கண்டறியப்பட்டது. வழக்கமான டிஎன்ஏ பிரித்தெடுத்தல் மற்றும் வணிக ரீதியாக கிடைக்கக்கூடிய இரண்டு டிஎன்ஏ பிரித்தெடுத்தல் கருவிகள் பிரித்தெடுக்கப்பட்ட டிஎன்ஏவின் தூய்மை மற்றும் பிரித்தெடுத்தலின் ஒப்பீட்டு மீட்பு திறன் ஆகியவற்றின் அடிப்படையில் மதிப்பீடு செய்யப்பட்டன. QIAamp® DNA Mini Kit (Qiagen) என்ற வணிகக் கருவி சிறந்த செயல்திறனை வழங்கியதாக முடிவுகள் காட்டுகின்றன. QIAamp® DNA மினி கிட்டில் உள்ள சிலிக்கா சவ்வுகளின் பயன்பாடு, தடுப்பான்களின் குறைந்தபட்ச குறுக்கீடு மூலம் DNA மீட்டெடுப்பை மேம்படுத்துவதாக நிரூபிக்கப்பட்டது. எத்திடியம் மோனோசைடு (ஈஎம்ஏ) மற்றும் ப்ரோபிடியம் மோனோசைடு (பிஎம்ஏ) ஆகியவை qPCR இல் தவறான-நேர்மறை சமிக்ஞையைக் குறைப்பதில் அவற்றின் செயல்திறனுக்காக மதிப்பீடு செய்யப்பட்டன. சவ்வு சமரசம் செய்யப்பட்ட கலத்தில் டிஎன்ஏவின் தவறான-நேர்மறை கண்டறிதலைக் குறைக்க PMA சிறந்த விருப்பத்தை வழங்குவதாகத் தோன்றியது.