உயிரியல் மற்றும் மருத்துவம்

சுருக்கம்

序列参数值对系统发育准确性的影响

巴克蒂·德维维迪，*Sudhindra R Gadagkar

准确推断的系统发育对进化研究非常重要。影响推断树准确性的因素可以追溯到导致系统发育推断的几个连续步骤。我们在这里研究了比对中核苷酸序列的某些特征对系统发育（拓扑）准确性的影响，而不是序列比对过程中的任何错误来源或推断方法的选择（通常都是这样做的）。具体来说，我们研究了（使用计算机模拟）单独和组合改变以下五个参数值的影响：序列长度（l）、核苷酸替换率（r）、核苷酸碱基组成（？）、转换-颠换率比（？）和位点之间的替换率异质性（？）。一个有趣且出乎意料的结果是？与系统发育准确性有很强的正相关关系，尤其是在高替换率的情况下。这项基于模拟的工作对该领域的实证研究人员具有重要意义，应该使他们能够从当今通常可用的多个基因中进行选择，以更准确地推断正在研究的系统发育。