ஜர்னல் ஆஃப் பார்மகோஜெனோமிக்ஸ் & பார்மகோபுரோட்டியோமிக்ஸ்

சுருக்கம்

NGS-HERC பகுப்பாய்வுக்கான டிஎன்ஏ தனிமைப்படுத்தும் முறைகளின் சரிபார்ப்பு

Vanja Raščanec

பின்னணி-நோக்கம்: ஆன்காலஜியில் அடுத்த தலைமுறை வரிசைமுறை (NGS) நம்பகமான NGS முடிவுகளைப் பெறுவதற்கு உயர்தர தொடக்க மாதிரிப் பொருட்களுடன் தொடங்குகிறது மற்றும் பின்னர் துல்லியமான தரவு பகுப்பாய்வு. டிஎன்ஏவின் விளைச்சல் லிம்போசைட் எண்ணுடன் தொடர்புடைய ஒரே மாதிரியிலிருந்து டிஎன்ஏ தனிமைப்படுத்தலின் மூன்று வெவ்வேறு முறைகளின் உற்பத்தியாளர் தரவின் சுருக்கமான சரிபார்ப்பை இங்கே வழங்குகிறோம். முறைகள்: இலுமினா மிசெக் இயங்குதளத்தில் NGS பரம்பரை புற்றுநோய் குழு (HERC) சோதனைக்கு பரிந்துரைக்கப்பட்ட நோயாளிகளிடமிருந்து EDTA குழாய்களில் முழு இரத்த மாதிரிகள் சேகரிக்கப்பட்டன. நாங்கள் 30 நோயாளிகளுக்கு எண்களை வழங்கினோம். சிஸ்மெக்ஸ் எக்ஸ்என்-1000 பகுப்பாய்வியில் லிம்போசைட் எண் தீர்மானிக்கப்பட்டது. 200 µL முழு இரத்தம் அல்லது பஃபி கோட்டில் இருந்து டிஎன்ஏ தனிமைப்படுத்தப்பட்ட கியாஜென் கிட் QiaAmp டிஎன்ஏ இரத்த மினி கிட் மற்றும் QIAcube இல் முழு இரத்தத்திலிருந்தும் தனிமைப்படுத்தப்பட்டது. NanoDrop™ லைட் ஸ்பெக்ட்ரோஃபோட்டோமீட்டர் மற்றும் Qubit4 ஆகியவற்றில் செறிவு அளவிடப்பட்டது. முடிவுகள்:, பெறப்பட்ட முடிவுகளின்படி, புற்றுநோயியல் நோயாளிகளுக்கு NGS பகுப்பாய்வுக்கான உகந்த டிஎன்ஏ தனிமைப்படுத்தும் முறையைப் பயன்படுத்துவதற்கான நெறிமுறையை நாங்கள் நிறுவினோம். மூன்று வெவ்வேறு தொடக்க மாதிரிகள் மற்றும் முறைகளின் DNA செறிவை ஒப்பிட்டுப் பார்த்தோம். லிம்ஃபோசைட் எண்ணிக்கை குறைவாக இருந்தால், 1,0 x 109/L உகந்த மாதிரி பஃபி கோட் மற்றும் QiaAmp முறை. லிம்ஃபோசைட் எண்ணிக்கை 1,0 மற்றும் 2,5x109/L இடையே இருந்தால், உகந்த மாதிரி முழு இரத்தம் மற்றும் QiaAmp முறை. லிம்ஃபோசைட் எண்ணிக்கை அதிகமாக இருக்கும் சந்தர்ப்பங்களில், 2,5x109/L QIAcube ஐசோலேஷன் மூலம் உயர்தர டிஎன்ஏ மற்றும் குறைந்த பட்சம் 30 ng/µl DNA செறிவைப் பெற NGS பகுப்பாய்வுக்கு போதுமானது. முடிவு: புற்றுநோயியல் நோயாளிகளில் சாத்தியமான குறைந்த லிம்ஃபோசைட் எண்ணிக்கையைக் கருத்தில் கொண்டு, NGS பகுப்பாய்வுக்கான சரியான DNA மாதிரியை உறுதி செய்வதற்கான வெவ்வேறு தொடக்க மாதிரிகள் மற்றும் முறைகளைப் பயன்படுத்தி DNA தனிமைப்படுத்தலுக்கான உகந்த நெறிமுறையை நாங்கள் உருவாக்கினோம்.