ஜர்னல் ஆஃப் மாடர்ன் கெமிஸ்ட்ரி & அப்ளிகேஷன்ஸ் இரட்டை குருட்டு சக மதிப்பாய்வு முறையைப் பின்பற்றுகிறது. தொடர்புடைய ஆராய்ச்சித் துறைகளில் உள்ள சுயாதீன ஆராய்ச்சியாளர்கள், சமர்ப்பித்த கையெழுத்துப் பிரதிகளின் அசல் தன்மை, செல்லுபடியாகும் தன்மை மற்றும் பொருத்தம் ஆகியவற்றை மதிப்பீடு செய்து, கையெழுத்துப் பிரதியை இதழில் வெளியிட வேண்டுமா என்பதை ஆசிரியர்கள் தீர்மானிக்க உதவுகிறார்கள். சமர்ப்பிக்கப்பட்ட கையெழுத்துப் பிரதியானது பொதுவாக இரண்டு அல்லது அதற்கு மேற்பட்ட நிபுணர்களால் மதிப்பாய்வு செய்யப்படும். அவர்கள் கையெழுத்துப் பிரதியானது அறிவியல் பூர்வமாக உறுதியானதாகவும், சீரானதாகவும் உள்ளதா, வெளியிடப்பட்ட படைப்புகளுடன் நகல் எடுக்கப்பட்டதா, மற்றும் கையெழுத்துப் பிரதி வெளியிடும் அளவுக்கு தெளிவாக உள்ளதா என்பதை மதிப்பீடு செய்யும்படி கேட்கப்படுவார்கள்.
சமர்ப்பிக்கப்பட்ட ஒவ்வொரு கையெழுத்துப் பிரதியும் தலையங்க அலுவலகம் மூலம் பூர்வாங்க தரக் கட்டுப்பாட்டுச் சரிபார்ப்பிற்காக நிர்வகிக்கப்படுகிறது, அதைத் தொடர்ந்து வெளிப்புற சக மதிப்பாய்வு செயல்முறை. வழக்கமாக பூர்வாங்க தரக் கட்டுப்பாடு 7 நாட்களுக்குள் முடிவடைகிறது மற்றும் முக்கியமாக பத்திரிகை வடிவமைப்பு, ஆங்கிலம் மற்றும் பத்திரிகை நோக்கம் ஆகியவற்றைக் குறிக்கும்.